Un genoma de toda asociación estudio de la distribución de las lesiones cerebrales en la esclerosis múltiple (20/02/13)

Un genoma de toda asociación estudio de la distribución de las lesiones cerebrales en la esclerosis múltiple (20/02/13)

Resumen: Este grupo de investigación evaluó si la variación genética se asocia con la topología de lesión múltiple esclerosis en un estudio de asociación amplia del genoma (GWAS). Los investigadores probaron esta hipótesis mediante el análisis de la distribución de las lesiones de la esclerosis múltiple y utiliza esa medida como un rasgo en un GWAS. Usaron voxel nivel 3T exploraciones de resonancia magnética ponderada en T1 para reconstruir la topología 3D de las lesiones en 284 pacientes con esclerosis múltiple y probado si esto era un fenotipo hereditario. Se calculan los diez primeros componentes principales con el fin de centrarse en la distribución de la lesión y lleva a cabo GWAS en cada uno de éstos. Los investigadores encontraron 31 asociaciones significativas con componente ocho, lo que representa una variación de la topología de la lesión en la población. La mayoría puede estar vinculada a los genes relacionados con la función de las células inmunes y de la mielina y el crecimiento neuronal. Los resultados muestran cómo los rasgos cuantitativos derivados de la RM cerebral se puede utilizar como variables dependientes en un GWAS. En el futuro, la integración de la imagen y los conjuntos de datos genéticos es probable que se convierta en una herramienta convencional para la comprensión de los complejos procesos biológicos de la MS. Abstract imágenes del cerebro por resonancia magnética se utiliza ampliamente como una herramienta de diagnóstico y vigilancia en la esclerosis múltiple y proporciona una no- manera invasiva, sensible y reproducible para el seguimiento de la enfermedad. características topológicas relativas a la distribución y la forma de las lesiones se reconocen como importantes marcadores neuroradiológicos en el diagnóstico de la esclerosis múltiple, aunque han sido mucho menos bien caracterizado cuantitativamente que tienen medidas tradicionales como T (2) hiperintensa o T (1) volúmenes hipointensas lesión. A continuación, se utilizó voxel nivel 3 T resonancia magnética T (1)-ponderado análisis para reconstruir la topología 3D de las lesiones en 284 pacientes con esclerosis múltiple y, si la prueba es un fenotipo hereditario. Para este fin, se extrajeron los genotipos de un estudio publicado asociación en todo el genoma en estos mismos individuos y buscado asociaciones genéticas con lesión de carga, forma y distribución topológica. Lesión mapas de probabilidad fueron creados para identificar las áreas frecuentemente afectadas y evaluar la distribución general de T (1) lesiones en la población estudiada en su conjunto. Luego desarrollaron un algoritmo original para voxels adyacentes racimo lesional (cluxels) en cada tema y, si la prueba cluxel topología se asoció significativamente con ninguna polimorfismo de un solo nucleótido en nuestro conjunto de datos.Para centrarse en los patrones de distribución de lesión, que computa los primero 10 componentes principales. Aunque componente principal 1 correlacionada con la carga lesión, ninguno de los restantes componentes ortogonales correlacionadas con cualquier otra variable conocida. A continuación, realizó todo el genoma estudios de asociación en cada uno de estos y encontraron 31 asociaciones significativas (tasa de falso descubrimiento <0,01) con componente principal 8, que representa un modo de variación de la topología de la lesión en la población. La mayoría de los loci se pueden vincular a genes relacionados con la función celular inmune y a la mielina y el crecimiento neural;. algunos (SYK, MYT1L, TRAPPC9, SLITKR6 y RIC3) han sido previamente asociado con la distribución de las lesiones en la materia blanca en la esclerosis múltiple Finalmente, se utilizó un enfoque de la bioinformática para identificar una red de 48 proteínas que interactúan muestran asociaciones genéticas (P <0,01) con topología cluxel en la esclerosis múltiple. Esta red también contiene proteínas expresadas en las células inmunes y está enriquecida en moléculas expresadas en el sistema nervioso central que contribuyen al desarrollo neuronal y la regeneración. Nuestros resultados muestran cómo los rasgos cuantitativos derivados de imágenes de resonancia magnética del cerebro de pacientes con esclerosis múltiple pueden ser utilizados como variables dependientes en un estudio de asociación de genoma completo. Con la amplia disponibilidad de la informática de gran alcance y la disponibilidad de las poblaciones genotipo, la integración de imágenes y genética conjuntos de datos es probable que se convierta en una herramienta dominante para la comprensión de los complejos procesos biológicos de la esclerosis múltiple y otros trastornos cerebrales. Autores: Gourraud PA, Sdika M, P Khankhanian Fuente: Brain. 2013 Feb 13. Y Pubmed PMID: 23412934 (20/02/13)

http://www.ms-uk.org/index.cfm/MSnews